Το Υπουργείο Πολιτισμού δρομολογεί την ίδρυση Διαχρονικού Μουσείου στην Ξάνθη, στα κτίρια του συγκροτήματος των Καπναποθηκών (που είναι ιδιοκτησίας του) επί της οδού Έλλης, μετά την θετική γνωμοδότηση του Συμβουλίου Μουσείων επί της πρότασης κτιριολογικού προγράμματος, το οποίο υπέβαλε η αρμόδια Εφορεία Αρχαιοτήτων Ξάνθης, βάσει του οποίου οι νέες χρήσεις χωροθετούνται σε συνολικό μεικτό εμβαδόν 1.100 τ.μ. Το συγκρότημα των Καπναποθηκών αποτελείται από το κτίριο Α (βόρειο) και το κτίριο Β (νότιο), τα οποία, το 1991, χαρακτηρίστηκαν ιστορικά διατηρητέα μνημεία.
Τα δύο κτίρια είναι μονόχωρα και διαρθρώνονται σε τρία επίπεδα (ημιυπόγειο, υπερυψωμένο ισόγειο και όροφο), ενώ η κατάσταση διατήρησής τους δεν είναι καλή. Το κτιριολογικό πρόγραμμα της Εφορείας Αρχαιοτήτων Ξάνθης με την κατανομή των λειτουργιών του Μουσείου στα δύο κτίρια των Καπναποθηκών, προβλέπει:
- Στο υπόγειο του Κτιρίου Α θα υπάρχουν αίθουσα πολλαπλών χρήσεων, κοινόχρηστοι χώροι, κ.ά. Στο ισόγειο θα υπάρχουν διοικητικές χρήσεις της Εφορείας Αρχαιοτήτων Ξάνθης, το αρχείο, αίθουσα υποδοχής, κ.ά. Στον όροφο, θα φιλοξενούνται εκθεσιακές ενότητες.
- Στο υπόγειο του Κτιρίου Β θα υπάρχουν αποθήκες, εργαστήριο συντήρησης, κοινόχρηστοι χώροι, κ.ά. Στο ισόγειο, θα στεγάζονται πωλητήριο, βεστιάριο, χώρος περιοδικών εκθέσεων, κ.ά. Στον όροφο, θα υπάρχουν εκθεσιακές χρήσεις.